Los objetivos que pretende alcanzar el Centro Nacional de Microscopía Electrónica son:

• Ayudar en la actividad investigadora de la Universidad Complutense de Madrid.
• Facilitar el desarrollo de programas de investigación. 
• Mejorar las prestaciones y la rentabilidad del equipamiento material y personal del centro.
• Proporcionar un soporte a la investigación tanto de los diferentes departamentos, equipos de investigación, escuelas y servicios de la Universidad Complutense de Madrid, como de otros centros de investigación y empresas privadas.
• Proporcionar servicios a los centros públicos y privados en el marco de convenios, conciertos o acuerdos que se establezcan.
• Desarrollar las investigaciones que impliquen mejorar o ampliar las prestaciones científicas y técnicas de acuerdo con las directrices generales de la política científica de la Universidad Complutense de Madrid.
• Elaborar, presentar y participar en proyectos de investigación dentro de la programación propia de la Universidad Complutense de Madrid, así como de otros organismos de financiación nacionales, de la U.E. y de otros países extranjeros, de acuerdo con las directrices de la Universidad Complutense de Madrid.
• Proporcionar asesoramiento a la comunidad científica en todo lo que haga referencia a las técnicas de microscopía electrónica.
• Elaborar y desarrollar programas docentes destinados a formar y reciclar especialistas en microscopia electrónica.
• Convertirse en un centro de referencia en microscopía electrónica, tanto en el ámbito de la Comunidad de Madrid, como en toda España.
• Formar personal técnico adecuado en el ámbito de la microscopía electrónica para que el servicio aumente en calidad.